U skladu sa Zakonom o zdravstvenom osiguranju, Zavodom zdravstvenog osiguranja upravlja Upravni odbor koji broji devet članova, a imenuje ga Vlada USK-a na prijedlog ministra zdravstva i socijalne politike. Djelokrug rada Upravnog odbora Zavoda određen je u članu 103. Zakona o zdravstvenom osiguranju, članu 26. Statuta Zavoda i Poslovnikom o radu Upravnog odbora.
Upravni odbor ima sljedeće nadležnosti:
- donosi Poslovnik o radu,
- donosi odluke o zaključivanju ugovora Kantonalnog zavoda osiguranja sa zdravstvenim ustanovama o pužanju zdravstvenih usluga,
- utvrđuje program djelatnosti obaveznog zdravstvenog osiguranja i mjera za unapređivanje obaveznog zdravstvenog osiguranja, utvrđuje politiku korištenja sredstava obaveznog zdravstvenog oiguranja, daje smernice za funkcionisanje, Stručne službe kantonalnog zavoda zdravstvenog osiguranja radi pravilnog ostvarivanja prava osiguranih lica i racionalnog poslovanja,
- donosi statut kantonalnog zavoda uz saglasnost zakonodavnog tijela kantona i druge opće akte za čije je donošenje ovlašten zakonom,
- predlaže saglasno zakonu, stope doprinosa za obevzno zdravstveno osiguranje,
- donosi plan rad Zavoda I Stručne službe - donosi financijski plan i usvaja završni račun,
- daje saglasnost na opći akt o sistematizaciji poslova I radnih zadataka,
- odlučuje o osiguranju dopunskih sredstava i o načinu pokrivanja eventualnih gubitaka nastalih u poslovanju,
- pretresa godišnji izvještaj o radu kantonalnog zavoda zdravstvenog osiguranja i njegove Stručne službe,
- razmatra izvještaj o kontroli vrste, obima i kvaliteta izvršenih zdravstvenih usluga,
- provodi prošireno zdravstveno osiguranje ako je uvedeno odlukom zakonodavnog tijela kantona,
- sarađuje sa drugim kantonalnim zavodima osiguranja, federalnim zavodom osiguranja i reosiguranja i drugim organima i organizacijama u stvarima od zajedničkog interesa,
- vrši i druge poslove za koje je ovlašten zakonom.
