Zavodom rukovodi direktor, čije nadležnosti su određene u Zakonu o zdravstvenom osiguranju, te Statutu Zavoda. Direktor Zavoda se imenuje na mandat od 4 godine.
Radi obavljanja poslova provođenja obaveznog zdravstvenog osiguranja, odnosno radi obavljanja normativno-pravnih, upravno-pravnih, analitičko-planskih, financijsko-računovodstvenih, kontrole, revizije i drugih stručnih i administrativnih poslova iz djelokruga Zavoda, a u skladu sa članom 97. Zakona o zdravstvenom osiguranju osnovana je i organizovana Stručna služba Zavoda osiguranja.
Direktor Zavoda zdravstvenog osiguranja Unsko - sanskog kantona